Yeni tasarlanan ve daha önceden çalışılmış bazı anti-HIV integraz ligandlarının autodock vina ile HIV-1 integraz enzimi katalitik öz bölgesine yerleştirilmesi ve analizleri

Abstract

Kazanılmış İmmün Yetmezlik Sendromu (AIDS) modern dünyanın en önemli hastalıklarından biridir. Bu hastalığa insan immün yetmezlik virüsü (HIV) neden olmaktadır. HIV-1 integraz enzimi diğer çalışılan enzimler proteaz ve ters transkriptaza göre daha geç ilgi görmüştür. Geliştirilen ilaçlara sürekli direnç oluşması yeni ilaç adaylarının bulunmasını zorunlu kılmaktadır. Bu çalışmada HIV-1 integraz enziminin katalitik öz bölgesinin bir modeli hazırlanarak moleküler dinamik simülasyonuyla davranışları incelendi. Bu model hedef alınarak, yeni geliştirilen 6 ligandın yanı sıra, bilinen ancak HIV-1 integraz inhibitör adayı olarak ilk defa kullanılan 4 ligand ve daha önce teorik ve/veya uygulamalı olarak çalışılan 32 ligand yerleştirildi. Yerleştirilen ligandların proteinle etkileşimleri incelendi. Yeni geliştirilen ligandlardan LGA, LGD ve LGE’nin ortalamanın üzerinde bir yerleştirme skoruna sahip olduğu görüldü

Acquired Immuno Deficiency Syndrome (AIDS) is the one of most important pandemic of modern world. Human Immunodeficiency Virus (HIV) is the causative agent of this disease. HIV-1 integrase have attracted lately than the other studied enzymes protease and reverse transcriptase. It is a needful to develop new drug candidates due to continuously growth of drug resistance. A catalytic core domain model of HIV-1 integrase was created and the behaviors of protein was examined by molecular dynamics simulation. By targeting this model, besides 6 newly designed ligands, 4 known but used for the first time ligands and 32 previously theoretical and/or in vitro studied ligands were docked. Interactions of docked ligands with protein were inspected. Among the designed ligands it is seen LGA, LGD and LGE have docking scores of above average.