Ercan, SelamiŞenses, Yusuf2019-08-262019-08-262019-08-062019-08-06Şenses, Y. (2019). Epstein-barr EBNA1 reseptörünün dna bağlanma bölgesine moleküler yerleştirme ile yeni inhibitör geliştirilmesi.(Yayınlanmamış Yüksek Lisans Tezi). Batman Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü, Batman.https://hdl.handle.net/20.500.12402/2304Herpesvirüs ailesine üye virüslerden biri olan Epstein-Barr virüsü (EBV) infeksiyöz mononükleaz, Burkitt lenfoması, Hodgkin lenfoması, nazofarinjiyel karsinoma ve gastrik karsinoma gibi hastalıklara yol açmaktadır. Epstein-Barr Nükleer Antijeni 1 (EBNA1) 641 amino asitten oluşan ve EBV tarafından kodlanan antijenlerden biridir. EBNA1 latent dönemde DNA replikasyonu, viral ve hücresel genlerin transkripsiyonu ve B-lenfositlerde önemli rol aldığından DNA ile etkileşiminin önlenmesi önemli bir ilaç geliştirme basamağı oluşturmaktadır. Bu çalışmada, ZINC15 ligand veritabanından 1600, literatürlerden seçilen 58 ve Schrodinger paket programında yer alan Breed programı ile tasarlanan 410 tane ligand, ilaç olma özellikleri bakımından filtrelere tabi tutularak, ilaç olma özelliği olan toplam 1635 ligand Autodock4 programı ile EBNA1 proteinin DNA bağlanma bölgesine yerleştirildi. Çalışma sonucunda tasarlanmış olan ligandlardan B288 kodlu ligandın en iyi skoru (-10.74 kcal/mol) elde ettiği belirlendi. Ligand-protein etkileşimleri incelendiğinde ligandların DNA bağlanma bölgesinde yer alan kalıntılarla önemli etkileşimlerde bulunduğu gözlendi.Epstein-Barr virus (EBV), a member of human herpesvirus, causes infectious mononucleosis, Burkitt’s lymphoma, nasopharyngeal carcinoma, gastric carcinoma, and Hodgkin lymphomas. Epstein-Barr Nuclear Antigen 1 (EBNA1), one of antigens encoded by EBV, comprises of 641 amino acid residues. Among the latent infection EBNA1 acts in DNA replication, transcription of viral and cellular genes, and in immortilization of B-lymphocytes. These special roles of EBNA1 makes it an important drug target. In this study, we create a ligand set consit of totally 2068 ligands. 58 ligands were selected from literatures, while 1600 ligands downloaded from ZINC15 ligand database and 410 ligands designed by Breed, a software included in Schrodinger sowtware suite. Autodock4 docking software was used for molecular docking process. By filtering ligands according to their druggabilities totally 1635 ligands succesfully docked to EBNA1 crystal structure. Analyzes of docking results showed that B288 is the best scored ligand for DNA binding site of EBNA1. Totally 6 ligands scored less than -10.00 kcal/mol, where four of them were designed by Breed and 2 of them were from ZINC15 ligand database. It also has determined that residues located in DNA binding sites were involved in interactions with ligands.trinfo:eu-repo/semantics/openAccessAttribution-ShareAlike 3.0 United StatesBilgisayar Destekli İlaç TasarımıEpstein-Barr VirüsüEpstein-Barr Nükleer Antijeni 1Moleküler YerleştirmeComputer Aidded Drug DesignEpstein-Barr Virus (EBV)Epstein-Barr Nuclear Antigen 1 (EBNA1)Molecular DockingMaster Thesis