Yeni tasarlanan ve daha önceden çalışılmış bazı anti-HIV integraz ligandlarının autodock vina ile HIV-1 integraz enzimi katalitik öz bölgesine yerleştirilmesi ve analizleri
Yükleniyor...
Dosyalar
Tarih
2016
Yazarlar
Dergi Başlığı
Dergi ISSN
Cilt Başlığı
Yayıncı
Batman Üniversitesi
Erişim Hakkı
info:eu-repo/semantics/openAccess
Özet
Kazanılmış İmmün Yetmezlik Sendromu (AIDS) modern dünyanın en önemli hastalıklarından biridir. Bu
hastalığa insan immün yetmezlik virüsü (HIV) neden olmaktadır. HIV-1 integraz enzimi diğer çalışılan
enzimler proteaz ve ters transkriptaza göre daha geç ilgi görmüştür. Geliştirilen ilaçlara sürekli direnç
oluşması yeni ilaç adaylarının bulunmasını zorunlu kılmaktadır. Bu çalışmada HIV-1 integraz enziminin
katalitik öz bölgesinin bir modeli hazırlanarak moleküler dinamik simülasyonuyla davranışları incelendi. Bu
model hedef alınarak, yeni geliştirilen 6 ligandın yanı sıra, bilinen ancak HIV-1 integraz inhibitör adayı olarak
ilk defa kullanılan 4 ligand ve daha önce teorik ve/veya uygulamalı olarak çalışılan 32 ligand yerleştirildi.
Yerleştirilen ligandların proteinle etkileşimleri incelendi. Yeni geliştirilen ligandlardan LGA, LGD ve
LGE’nin ortalamanın üzerinde bir yerleştirme skoruna sahip olduğu görüldü
Acquired Immuno Deficiency Syndrome (AIDS) is the one of most important pandemic of modern world. Human Immunodeficiency Virus (HIV) is the causative agent of this disease. HIV-1 integrase have attracted lately than the other studied enzymes protease and reverse transcriptase. It is a needful to develop new drug candidates due to continuously growth of drug resistance. A catalytic core domain model of HIV-1 integrase was created and the behaviors of protein was examined by molecular dynamics simulation. By targeting this model, besides 6 newly designed ligands, 4 known but used for the first time ligands and 32 previously theoretical and/or in vitro studied ligands were docked. Interactions of docked ligands with protein were inspected. Among the designed ligands it is seen LGA, LGD and LGE have docking scores of above average.
Acquired Immuno Deficiency Syndrome (AIDS) is the one of most important pandemic of modern world. Human Immunodeficiency Virus (HIV) is the causative agent of this disease. HIV-1 integrase have attracted lately than the other studied enzymes protease and reverse transcriptase. It is a needful to develop new drug candidates due to continuously growth of drug resistance. A catalytic core domain model of HIV-1 integrase was created and the behaviors of protein was examined by molecular dynamics simulation. By targeting this model, besides 6 newly designed ligands, 4 known but used for the first time ligands and 32 previously theoretical and/or in vitro studied ligands were docked. Interactions of docked ligands with protein were inspected. Among the designed ligands it is seen LGA, LGD and LGE have docking scores of above average.
Açıklama
Anahtar Kelimeler
İntegraz, Anti-HIV ilaç tasarımı, Ligand yerleştirme, Moleküler Dinamik Simülasyonu, Integraze, Anti-HIV drug design, Docking, Molecular Dynamics Simulation
Kaynak
WoS Q Değeri
Scopus Q Değeri
Cilt
6
Sayı
1
Künye
Ercan, S. (2016). Yeni tasarlanan ve daha çnceden çalışılmış bazı anti-HIV integraz ligandlarının autodock vina ile HIV-1 integraz enzimi katalitik öz bölgesine yerleştirilmesi ve analizleri. Batman Üniversitesi Yaşam Bilimleri Dergisi, 6 (1), ss. 247-269.
