HIV-1 ters transkriptaz ve integraz enzimleri için ikili inhibitör tasarımı: Docking çalışması

Basit Öğe Kaydı
dc.contributor.advisorErcan, Selami
dc.contributor.authorŞenyiğit, Berivan
dc.date.accessioned2019-10-14T12:09:58Z
dc.date.available2019-10-14T12:09:58Z
dc.date.issued2019-08-06en_US
dc.date.submitted2019-08-06
dc.departmentBatman Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Kimya Anabilim Dalıen_US
dc.description.abstractRetrovirüslerin lentivürüs ailesi üyesi olan HIV-1 AIDS hastalığının etken virüsüdür. Virüs dünya çapında yaygın olup insan bağışıklık sistemini baskılayarak vücudu enfeksiyonlara karşı savunmasız bırakır. HIV-1 Ters Transkriptaz (Revers Transcriptase;RT) ve İntegraz (Integrase;IN) virüs yaşam döngüsünün önemli işlevlerini yerine getiren iki enzimdir. AIDS tedavisinde son yıllarda birden fazla hedefi inhibe eden ilaçların tasarımı üzerinde çalışılmaya başlanmıştır. Bu bakımdan, RT ve IN dual inhibitör geliştirilmesi bakımından uygun iki enzimdir. Bu çalışmada tasarlanan 858 ligand filtrelenerek ilaç olma özelliği olan 426 ligand Autodock4 programı ile bir RT kristal yapısı olan 4g1q.pdb ve tam uzunluktaki HIV-1 IN kristal yapısı bulunmadığından katalitik bölge açısından aynı özellikleri taşıyan Prototype Foamy Virus IN kristal yapısı 3oya.pdb aktif bölgelerine yerleştirildi. Yerleştirme sonucunda B099 ligandı -12.63 kcal/mol’lük skor ile RT enzimine ve B249 ligandı -19.83 kcal/mol’lük skor ile IN enzimine en iyi bağlanan ligandlar olarak belirlendi. B051, B053, B099, B103, B107, B205, B206, B211, B213, B223, B231,B241, B242, B249, B250, B251, B253, B254, B308, B324, B352 ve B353 ligandlarının her iki enzim için iyi yerleşme skorları verdiği gözlendi. Sonuç olarak dual inhibitör adayı olan yeni ligandların tasarımı gerçekleştirildien_US
dc.description.abstractHIV-1, a member of Retroviruses’ Lentivirus family, is the causative agent of AIDS. The virus is common throughout the world and leaves the body vulnerable to infections by suppressing the human immune system. Reverse Transcriptase (RT) and Integrase (IN) are two HIV-1 enzymes which perform important virus life cycle functions. It has been started to design new drug design that inhibit multiple targets for treatment of AIDS in recent years. In respect to this, RT and IN are two enzymes suitable for the development of dual inhibitors. 426 ligands which are filtered by druggability properties from 858 ligands were docked to crystal structure of 4g1q.pdb and since there was no full-lenght structure of HIV-1 IN same ligands were docked to Prototype Foamy Virus (PFV) IN structure 3oya.pdb, which have same properties as HIV-1 IN catalyctic region by Autodock4 program. From the docking results B099 ligand was determined to be the best binding ligand to RT ezyme with a binding score of -12.63 kcal/mol and B249 was the best ligand to IN enzyme with a score of -19.83 kcal/mol. B051, B053, B099, B103, B107, B205, B206, B211, B213, B223, B231,B241, B242, B249, B250, B251, B253, B254, B308, B324, B352 and B353 were found to give good docking scores for both enzymes. As a result, the design of new ligands, which are dual inhibitor candidates, was realized.en_US
dc.identifier.citationŞenyiğit, B. (2019). HIV-1 ters transkriptaz ve integraz enzimleri için ikili inhibitör tasarımı: Docking çalışması. (Yayınlanmamış Yüksek Lisans Tezi). Batman Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü, Batman.en_US
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/20.500.12402/2333
dc.language.isotren_US
dc.publisherBatman Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsüen_US
dc.relation.publicationcategoryTezen_US
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccessen_US
dc.rightsAttribution-ShareAlike 3.0 United States*
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-sa/3.0/us/*
dc.subjectBilgisayar Destekli İlaç Tasarımıen_US
dc.subjectDual Inhibitoren_US
dc.subjectHIV-1en_US
dc.subjectİntegrazen_US
dc.subjectMoleküler Yerleştirmeen_US
dc.subjectTers Transkriptazen_US
dc.subjectComputer Aidded Drug Designen_US
dc.subjectDual Inhibitoren_US
dc.subjectIntegraseen_US
dc.subjectMolecular Dockingen_US
dc.subjectReverse Transcriptaseen_US
dc.titleHIV-1 ters transkriptaz ve integraz enzimleri için ikili inhibitör tasarımı: Docking çalışmasıen_US
dc.title.alternativeDual inhibitor design for HIV-1 reverse transcriptase and integrase: A docking studyen_US
dc.typeMaster Thesisen_US

Dosyalar

Orijinal paket
Listeleniyor 1 - 1 / 1
Küçük Resim
İsim:
Berivan_Senyigit_31_08_2019 (1).pdf
Boyut:
3.83 MB
Biçim:
Adobe Portable Document Format
Açıklama:
Tam Metin / Full Text
İndir
Lisans paketi
Listeleniyor 1 - 1 / 1
Küçük Resim Yok
İsim:
license.txt
Boyut:
1.44 KB
Biçim:
Item-specific license agreed upon to submission
Açıklama:
İndir

Koleksiyon

Fen Bilimleri Enstitüsü, Kimya Anabilim Dalı, Tez Koleksiyonu